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A Lei n° 7.596, de 10 de abril de 1987 a enquadra como fundação pública.
Em 1987 com sua federalização, tornando-se fundação pública, muda sua formação jurídica e administrativa, pois os funcionários da instituição passam ao regime jurídico estatutário, seguindo leis emitidas diretamente pelo governo federal. Além disso, enquanto instituição essencialmente pública segue as políticas definidas pelo MEC em todos os âmbitos de sua atuação, pois não tem mais a parte privada que fazia parte de sua constituição; a incidência de impostos e o repasse de orçamento (outras fontes de recursos, pois não existem mais o capital privado) também sofrem alterações. Os alunos tiveram gratuidade em suas mensalidades.
Em 2004 foi criado o curso de Biomedicina e Nutrição. Em 2007 foi criado o curso de Fonoaudiologia e em 2008 foi criado o curso de Psicologia.
Em 1988, são ofertados cursos de pós-graduação stricto sensu, em nível de Mestrado, seguido posteriormente pelo Doutorado.
Ordem de diretores:
1989 a 1992 - Jorge Escobar Pereira Lima.
1992 a 1996 - Oscar May Pereira.
1996 a 2000 – Jorge Lima Hetzel
2000 a 2004 - Jorge Lima Hetzel
2004 a 2008 – Miriam da Costa Oliveira